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基因组所与昆明动物所合作完成犬科数据整合与共享系统研发

  克日 ,由北京基因组所与昆明动物所合作开发的犬科动物数据库iDog正式上线。该项研究效果以“iDogan integrated resource for domestic dogs and wild animals”为题在国际学术期刊Nucleic Acids Research在线揭晓。iDog是第一个致力于家犬(Canis lupus familiaris)和野生犬科动物的综合性数据资源库 ,为全天下从事科研究的科研职员提供种种数据服务和在线剖析工具。 

  家犬是自然界中种内遗传多样性最为富厚的物种之一 ,也是许多人类遗传病的基础研究模子。近年来 ,随着基因组学手艺生长 ,越来越多犬种的基因组被剖析 ,犬基因、SNP、品种、疾病、基因表达等生物数据也被大宗宣布 ,但尚未有提供犬类完整数据服务的数据库 ,该类研究带来未便。 

  北京基因组研究所团结昆明动物所合作开发iDog数据库系统 ,整合富厚的犬科多组学数据 ,提供统一的数据共享服务。同时 ,还整合了序列比对工具用于线上数据剖析以及基因组浏览器用于数据可视化剖析。iDog的建设不但有利于全球规模内犬科动物的研究 ,同时还为大宗的爱狗人士提供了一个用户友好的界面查找相关宠物狗信息。 

  iDog具有优异的可拓展性和一连性 ,主要包括基于127个家犬样本基因组重测序数据爆发的变异信息数据库、含有32220个基因的犬科动物基因数据库、基于RNA-Seq测序数据的基因表达数据库、犬科动物相关疾病的文献数据库、人-狗疾病同源信息数据库、犬科动物基因组拼接数据库等。iDog将在一连整合更多的组学数据 ,在Dog10K项目的配景下 ,更新高质量的数据集 ,逐步转化成犬科动物基础研究的信息知识宝库。 

  该项目获得了4001老百汇网站战略性先导科技专项、国家自然科学基金、国家重点研发妄想等基金资助。 

  论文链接 

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   iDog系统的数据资源 

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