基因组所与昆明动物所在家犬起源进化的合作研究中取得新希望
5月14日 ，中科院北京基因组研究所与中科院昆明动物研究所在家犬起源进化合作研究中取得主要希望 ，相关论文在最新一期Nature子刊《自然·通讯》(Nature Communications)杂志在线揭晓。该研究效果从全基因组层面上叙述了狗的起源进化 ，并首次将其进化历史和人类的近期演化联系了起来。
昆明动物所王国栋博士与基因组所翟巍巍博士 ，使用大规�；蜃椴庑蚨月苡谔煜鹿婺Ｄ诘亩喔鲆吧依恰⒅泄厍耐凉芬约疤煜赂鞯氐亩嘀黄分止肪傩辛舜蠊婺５闹夭庑�。研究职员发明：家犬的起源时间比领域内先前的预计（一万六千年）要早一倍 ，同时提醒家犬的起源可能比原先明确的陪同农业起源的模式要富厚许多。研究职员通过家犬和野生灰狼的基因组较量 ，发明许多交配滋生、消化代谢以及神经功效基因在家犬的驯化历程中受到了强烈的人工选择。值得关注的是这些基因和人在近期的顺应性进化保存较多的重合。
家犬作为最早被驯化的家养动物 ，其驯化在人类历史上具有十分主要的意义。家犬无论是形态学的多样性照旧行为的差别性 ，是已知物种中多样性最为富厚的一种 ，因而是研究人工选择下生物顺应的最佳模式生物。研究家犬起源和驯化的遗传机制 ，一直是遗传学领域的一个要害问题。
家犬的驯化历史可分为两个部分。首先 ，野生的灰狼由于人工选择 ，被驯化为家犬 ，这些家犬清静常我们明确的品种犬差别 ，他们一样平常没有经受过强烈的近亲交配 ，因而具有较高的遗传多样性。其次 ，在最近的几百年里 ，人们凭证自己的喜欢 ，培育了大宗形态、行为各异的品种 ，这些被培育制品种系的家犬也被称为现代品种犬。现在已有的研究大多集中于研究品种犬的形态差别的遗传学机制 ，而对从灰狼抵家犬的驯化历程缺乏足够的关注。
昆明动物所张亚平教授前期研究发明 ，来自东亚地区 ，特殊是中国的土狗 ，具有很是高的遗传多样性 ，东南亚有可能是家犬的起源驯化地 ，因而来自中国 ，特殊是中国南方的土狗是研究家犬怎样由灰狼驯化而来的主要遗传资源。
随着基因测序手艺的爆发和快速生长 ，基因组测序的本钱急剧降低 ，效率大大提高 ，使得在全基因组水平探讨家犬驯化的早期历史成为可能。在此机缘下 ，科研职员使用新一代测序平台 ，对四只灰狼 ，三只中国外地犬 ，和三只现代品种犬举行了全基因组测序剖析 ，每个个体的测序笼罩度达8-13X ，判断出多达1392万个SNP位点和302万个小片断插入缺失（indel）。全基因组剖析批注遗传多样性由灰狼到中国外地犬再到品种犬依次递减 ，驯化历史剖析批注家犬与灰狼的不同时间约莫为3万2千年。种群演化历史的剖析发明 ，家犬的起源履历了较弱的瓶颈效应。凭证演化历史和微弱的瓶颈效应 ，研究职员提出了家犬起源的“拾荒者”假说。研究职员以为：家犬的驯化可能始于早期人类的狩猎时期 ，在人类出行狩猎大型动物的时间 ，有一群狼总是喜欢追随着人类 ，当人类乐成俘获大型兽类（例如大象等）的时间 ，这群狼总是能捡拾到一些食物（拾荒）。随着和人类的一直交互 ，这群狼逐步的被人类所驯化并成为了人类忠实的朋侪。
使用群体遗传剖析的手段 ，研究职员定位到了311个受人工选择的基因 ，这些基因富集在生殖系统、消化和新陈代谢系统及神经相关通路上。更有意思的是 ，家犬中受选择的基因和人类受选择的基因保存显著地交集 ，特殊是在消化和新陈代谢系统、神经相关通路及癌症相关基因集上。该研究首次剖析家犬自驯化以来 ，和人类保存显著的平行进化历程。同时该研究还提醒我们 ，作为人类最忠实的朋侪 ，家犬同样也是很好的模式生物 ，为科研职员研究和明确人类的演化和疾病提供了崭新的视角。
Extra note:
文章链接：http://www.nature.com/ncomms/journal/v4/n5/abs/ncomms2814.html
National geographic (美国国家地理报道) ：http://news.nationalgeographic.com/news/2013/13/130514-dogs-domestication-humans-genome-science/
